Der Bundesfinanzhof (BFH) hat mit Urteil vom 18. Januar 2012 II R 49/10 entschieden, dass die Zuteilung der Identifikationsnummer und die dazu beim Bundeszentralamt für Steuern (BZSt) erfolgte Datenspeicherung mit dem Grundgesetz vereinbar sind. Die darin liegenden Eingriffe in das Recht auf informationelle Selbstbestimmung sind durch überwiegende Interessen des Gemeinwohls gerechtfertigt. Da die Identifikationsnummern den steuerpflichtigen natürlichen Personen anders als die bisherigen Steuernummern auf Dauer und bundeseinheitlich zugeteilt werden, ermöglichen sie deren eindeutige Identifizierung im Besteuerungsverfahren. Dies dient zum einen dem auch verfassungsrechtlich gebotenen gleichmäßigen Vollzug der Steuergesetze und ermöglicht zum anderen einen gewichtigen Abbau von Bürokratie sowohl im Bereich der Steuerverwaltung als auch bei Unternehmen und anderen Stellen. Insbesondere bilden die Identifikationsnummer und die dazu erfolgte Datenspeicherung eine wesentliche Voraussetzung für die Ersetzung der bisherigen Lohnsteuerkarten durch die nunmehr ab dem Jahr 2013 vorgesehenen elektronischen Lohnsteuermerkmale sowie für die Automatisierung von Verfahrenssabläufen. Aufgrund der Identifikationsnummer kann zudem die zutreffende und vollständige Erfassung der Alterseinkünfte bei der Einkommensteuer leichter und effektiver geprüft werden. Außerdem kann Missbräuchen bei der Beantragung von Kindergeld sowie beim Abzug von Kapitalertragsteuer entgegengewirkt werden.
Der BFH hat einen Verstoß gegen das Grundrecht auf Religionsfreiheit ebenfalls verneint. Dies gilt auch hinsichtlich der Neuregelung des Abzugs von Kirchensteuer von Kapitalerträgen, die für nach dem 31. Dezember 2013 zufließende Kapitalerträge vorgesehen ist. Der Steuerpflichtige kann nämlich jederzeit, auch bereits vor diesem Termin, beim BZSt beantragen, dass die Daten über seine rechtliche Zugehörigkeit zu einer steuererhebenden Religionsgemeinschaft den zum Abzug von Kapitalertragsteuer verpflichteten Stellen nicht mitgeteilt werden (Sperrvermerk).